Enligt de ursprungliga planerna skulle den regionala tågtrafiken ha halvtimmestrafik mellan Södertälje och Uppsala. Dels skulle integrationen öka i regionen, dels skulle de hårt belastade pendeltågen avlastas. Av detta blev intet. SJ valde att profilera om Ostpendeln till InterCity och inte heller tillåta resenärer med vanliga Movingo att resa på InterCity-tåg. Det betydligt dyrare Movingo Alla sträckor krävs för att åka med Ostpendeln.Mälardalstrafik skrev:För att förbättra den regionala tillgängligheten mellan södra/sydvästra regionen (inklusive södra Stockholm län) och Arlanda och Uppsala är inriktningen att den regionala trafiken i stråket ska bedrivas med linjer som är genomgående i Stockholm för att skapa en stomme med halvtimmestrafik Södertälje - Uppsala bestående av timmestrafik med Mälartåg till från Örebro/Eskilstuna respektive timmestrafik till/från Östergötland. Inför genomförandebeslut bör diskussioner föras med SJ om möjligheten att stomtrafiken från Östergötland kan utgöras av SJ:s Ostpendeln.
Därmed finns det fyra olika trafiksystem på sträckan: SL/UL, Mälartåg, SJ Regional och SJ InterCity. Då räknas inte SJ Snabbtågs fakirtåg, där inte ens Movingo Alla sträckor gäller. Det här leder varken till förbättrad regional tillgänglighet eller avlastning av hårt belastade pendeltåg. Att Ostpendeln behöver plats för långväga resenärer mellan Linköping och Gävle är rimligt, men varför förlängdes inte regionaltågen från Norrköping till Uppsala som ursprungligen planerat?
Dessutom blev det inte jämn halvtimmestrafik. Från Södertälje Syd mot Uppsala går Eskilstunapendeln klockan xx.44 medan Ostpendeln går klockan xx.01 (med vissa smärre avvikelser). Visserligen är det svårt att lägga tidtabeller, men Öresundstågen trafikerar långa enkelspåriga sträckor och har ändå lyckats få jämn trafik på den gemensamma sträckan.