Åh, berlin, ett specialintresse gott som något!
Det finns ett U-bahn-museum vid U-olympiastadion och ett S-bahnmuseum vid nån av S-bahnstationerna strax före Potsdam Hbf. Jag har besökt båda och tyckte att de var "sådär", en samling gammalt jox ungefär. Sörsta behållningen var den fina fotoplatsen som jag fick tillgång till på balkongen vid U-bahnmuseet och bokköpet (Bahnknoten Berlin, andra utgåvan, slut på förlaget numera) jag gjorde på S-bahnmuseet
Det finns rätt mycket av allt och lite till i Berlin kan man säga. Det är svårt att säga att något specifikt är ett måste.
Rätt trevlig utsikt får man på de tunnelbanesträckor som går på högbana (från Warschauer Straße och västerut (till ungefär Gleisdreieck om jag inte minns fel, och norra delen av U2 kring t.ex. Eberswalder Straße).
Lite betongturism kan fås genom att åka nån av spårvagnslinjerna kring t.ex. Allé der kosmonauten eller liknande.
S-bahn på Stadtbahnsträckan (Ostbahnhof-Charlottenburg) kan ge trevlig utsikt. I västgående riktning åker du närmast norra kanten och borde åtminstone i teorin får lite bättre utsikt än i östgående riktning där du har spår på båda sidor om tåget.
Ett icke-spårmuppigt men kollektivtrafikrelaterat sightseeingtips är att åka bussline 100 och kanske även 200. De körs med tvåvåningsbussar, tipset är givetvis att sitta längst fram på övervåningen.
Ett praktiskt tips är att samma biljetter gäller inte bara på bussar, spårvagnar, tunnelbana och S-bahn utan även på regioanltågen (RB) och regionalexpresstågen (RE).
Förutom spårvägsnätet i östra Berlin (med ett par snuttar in i f.d. västberlin) så finns det flera separata mindre spårvägslinjer/nät. En enkel linje mellan punkt A och B har redan nämnts, 87, dessutom finns 88 (som jag inte provat) och 89 i Strausberg. Linjen i Strausberg kan vara trevlig att ta en tur på, invid norra ändhållplatsen finns europas (eller världens?) enda färja som körs med kontaktledning och spårvagnskontroller, nog enda vattengående farkosten jag kännt mig riktigt intresserad av
Potsdam har ett helt eget spårvägsnät med flera linjer. Deras kollektivtrafik heter ViP (Verkehr im Potsdam). Potsdam, Strausberg och de andra två "enkla" spårvägslinjerna ingår i Berlin zon C. Potsdamfärjan kräver däremot egen biljett, den är dock inte särskilt dyr.
Kolla in på
http://www.bvg.de och
http://www.vbb-online.de för linjekartor, biljettinfo, info om ändringar å sånt.
Om du gillar övergivna platser med järnvägskoppling så kan kanske Potsdam Pirscheide vara intressant. Den stationen hette Potsdam Hbf under tiden berlinmuren fanns och hade då ett helt gäng plattformsspår. Sedan lades trafiken om och nu används bara ett enda plattformspår, resten är igenbommat. Nås både med regionaltåg och spårvagn. Jag har inte varit där själv, bara läst om den.
Om f.d. DDR är det minsta intressant så gå på DDR-museet som ligger riktigt centralt.